Erzurum'un Pasinler ilçesi Korucuk Köyü'nde doğan Gülen'in babası Ramiz cami imamı, annesi Rafia ev hanımıdır. Gülen, altısı erkek, ikisi kız, sekiz kardeşin ikincisidir. İlkokul, ortaokul ve İmam Hatip Lisesini dışarıdan bitiren Gülen, Osman Bektaş'tan din eğitimi almıştır.

Askerlik öncesi ve sonrasında olmak üzere Edirne Üç Şerefeli Camii'nde toplam 4 yıl imamlik yaptı. Ankara Mamak ve İskenderun'da askerliğini yaptı. Edirne sonrası Kırklareli'ne tayin olup bir yıl da burda vaizlik yaptı. 1966'da İzmir'e vaiz atanan Gülen, Kestanepazarı Camii'nde vaaz verirken Kur'an Kursu idarecilik görevinde de bulundu. Gezici bölge vaizi statüsü ile Ege Bölgesi'nin değişik il ve ilçelerinde dolaşarak 1971 yılına kadar vaaz ve sohbetlerde bulundu.

İlk olarak 1971 yılında İslami düşünce ve faliyetlerinden dolayı, 12 Mart muhtırasında mahkemeye çıkarıldı, 3 yıl hapis cezası aldı. 7 ay tutukluktan sonra serbest kaldı. Balıkesir'in Edremit ilçesi ve Manisa ilinde vaizlik görevlerini sürdüren Gülen, takiben İzmir Bornova ilçesi vaizliğine atandı.

12 Eylül Darbesi döneminde askeri yönetim tarafından hakkında çıkarılan tutuklama emri dolayısıyla resmi kurumlardan uzak durdu; 1986'da Devlet Güvenlik Mahkemesi'nce takipsizlik kararı verildi. Bu dönemde devletle olan resmi ilişkisi kesilen Gülen 1989'da İstanbul ve İzmir'de 'fahri' olarak vaazlara yeniden başladı ve 1992 yılına kadar bu vaazlarını sürdürdü.
1 Ağustos 2000 yılında Ankara Devlet Güvenlik Mahkemesi Cumhuriyet Başsavcılığı'nca, 'İslami esaslara dayalı devlet kurabilmek için yaşadışı örgüt kurduğu' gerekçesiyle Fethullah Gülen’in 10 yıla kadar ağır hapse mahkûm edilmesi istendi. Gıyaben tutuklama kararının gerek görülmediği davanın, kesin hükme bağlanması, 2003 Mart ayında 4616 sayılı Şartla Salıverilme Yasası’nın 1/4. maddesi uyarınca 5 yıl süresince ertelendi. Bu süre içinde Fethullah Gülen'in aynı cins veya daha ağır bir suç işlemesi durumunda yargılamanın yeniden başlaması kararlaştırıldı. 5 Mayıs 2006'da AKP hükümetinin 3713 sayılı Terörle Mücadele Kanunu'nda yaptığı değişiklikler, dikkate alınarak beraatine karar verildi.

Gülen, sağlık sorunları nedeni ile Mart 1999'den bu yana Pennsylvania ABD'de yaşamaktadır.
Gülen'in çeşitli konuları elen alan çok sayıda kitap, makale ve şiirleri mevcuttur. Eserlerinde dini öğretisinin etkisini görmek mümkündür ve genellikle kişisel dini felsefe ve bakış açısını konu almaktadırlar. Eserleri başta İngilizce, Arapça, Almanca, İspanyolca ve Rusça olmak üzere değişik dillere çevrilmiştir.

Kitaplarından bazıları:

1. Asrın Getirdiği Tereddütler 1-4, (1983 - 2002)
2. Çağ ve Nesil, (1982)
3. Buhranlar Anaforunda İnsan, (1986)
4. Yitirilmis Cennette Doğru, (1988)
5. Işığın Göründüğü Ufuk, (2000)
6. Fatiha Üzerine Mülahazalar, (1998)
7. Ila-yi Kelimetullah veya Cihad, (1996)
8. İnancın Gölgesinde 1-2, (1991 - 1992)
9. Kırık Testi, 1-5, (2002)
10. Kitap ve Sünnet Perspektifinde Kader,
11. Ölçü veya Yoldaki Işıklar 1-4, (1985 - 1992)
12. Sonsuz Nur 1-3, (1993 - (1994)
13. Çekirdekten Çınara, (2002)
14. Mealli Dua Mecmuası, (2000)
15. Fasıldan Fasıla 1-5 (2007)
16. Prizma 1-5